エクスポートとは、SVNの管理下にある.svnを除いたファイルを別の場所(例えばD:\配下)に出力する機能です。
一気にエクスポートできますので、そのフォルダ構成のままサーバにFTPなどでアップロードできたりします。

エクスポートしたいフォルダを右クリックし、「エクスポート」を選択します。次に出力先を指定したらエクスポートが始まります。